Балахнинская Знаменская церковь была построена в 1748-1757 годах по заказу солепромышленника Петра Семёновича Латухина. В течение 30 лет он был бургомистром Балахны и, по легенде, лично знал императрицу Екатерину Великую. Южный Пятницкий придел был устроен в память о церкви, существовавшей на другом месте в XVI-XVII веках и подмытой разливами Волги.
Церковь возвели после гибели деревянного храма 13 февраля 1745 года уже на новом месте. В 1748 году Синод издал указ на основании поданного Латухиным прошения и выдал солепромышленнику храмозданную грамоту. В обращении в Балахнинское духовное правление 1757 года Пётр Латухин попросил благословления на освящение построенной им церкви во имя Знамения Пресвятой Богородицы и тёплого придела святой великомученицы Параскевы Пятницы.
В 1918 году Балахнинский райисполком заключил соглашение о пользовании церковным имуществом с приходской общиной Знаменской и Крестовоздвиженской церквей. При этом Знаменскую церковь использовали как летний храм. В 1926 году обе церкви закрыли и передали Балахнинскому краеведческому научно-археологическому обществу. В 1929-1930-х годах здание использовалось в качестве общежития для студентов Балахнинского энерготехникума, в 1946 — в качестве завода фруктовых вод.
В октябре 1950 года в трапезной части храма открыли колбасную мастерскую, позже его стал использовать молокозавод. В новейшее время здесь располагались торговые точки и предприятие шиномонтажа. 8 августа 2014 года прошла церемония передачи здания Знаменской церкви Нижегородской епархии. В ней участвовал митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий, совершивший молебен перед иконой «Знамение» и окропивший помещение святой водой.
