Железнодорожный вокзал стал первым каменным зданием в Биробиджане. Сооружение путей, посадочных платформ и собственно здания вокзала завершилось 29 декабря 1935 года. В основном, работали заключённые, объединённые в 13-е отделение БАМлага. За хорошую работу часть из них получила досрочное освобождение, многие — льготы.
До наших дней экстерьер здания дошёл почти нетронутым. В 2002 году прошла реконструкция внутренних помещений и привокзальной площади. На ней сооружены фонтан и монумент в виде меноры, слева установлен памятник первым поселенцам.
