Церковь во имя Николая Чудотворца была построена во Владычной слободе Вологды в 1669 году. Этот район в Заречье до 1649 года принадлежал вологодскому Архиерейскому дому. На данный момент Никольский храм— третий по старшинству из уцелевших вологодских церквей — после Софийского собора и церкви Дмитрия Прилуцкого на Наволоке.
Интерьер храма был оформлен в барочном стиле, на столбах, арках и сводах имелась орнаментальная лепка. В иконостасе сочетались резьба по дереву, живопись и скульптура.
Приход этого храма в 1781 году был третьим по величине в городе, в 1892 году — вторым. В 1930 году церковь закрыли и сняли с неё колокола. Сначала здесь жили «кулаки», высланные из других частей СССР, потом внутри работали валеная фабрике и завод игрушек.
Православная община при Никольском храме была создана в начале 1990-х годов. В рамках реставрационных работ церковь получила новые купола. Внутри можно поклониться мощам святителя Антония, епископа Вологодского и Великопермского, которые были перенесены сюда из Софийского собора.
