Храм Иоакима и Анны в Боголюбове освятили в 1857 году, строительство велось на частные пожертвования. В начале ХХ столетия церковь объединили с колокольней.
В 1930-е годы храм закрыли и передали в колхозу, который хранил в здании зерно и организовал молодёжный клуб. В годы Великой Отечественной войны снесли купола, убрали ограду на территории. В 1965 году помещение отдали под Дом культуры.
В 1990-х годах храм Иоакима и Анны вернули верующим. С тех пор в здании проводятся ремонтные работы.