В XVI столетии неподалёку от княжеских конюшен в Угличе была построена деревянная церковь Флора и Лавра. После того, как она пришла в ветхость, на её месте в 1748-1762 годах был построен каменный храм. В нём имелись престолы в честь Воскресения Христова и Собора Богородицы, в связи с чем церковь часто называли Воскресенско-Фроловской.
В начале ХХ века храму вернули изначальное название. После революции церковь Флора и Лавра закрыли, службы были прекращены в 1927 году, купола и колокольня уничтожены. Из-за размещения в здании разных советских учреждений были утрачены росписи. Реставрационные работы в храме начались в 2005 году, и три года спустя были установлены новые колокола.
