Богоявленский собор был построен в одноимённой слободе Ярославля в 1684-1693 годах. Предполагается, что своё название он получил от деревянной церкви, которая была построена здесь в XIII веке (по другим данным — в XV столетии). Инициатором строительства каменного храма стал местный купец Алексей Зубчанинов.
В отличие от других ярославских церквей, у этой не было подклета и столпов. В украшении фасадов использовались необычные для города изразцовые плитки, которыми декорированы барабаны и стены. Крытые галереи окружали Богоявленскую церковь с трёх сторон, шатровую колокольню построили с северо-западной стороны. В 1693 году неизвестные мастера (по предположениям, из артели Дмитрия Григорьева и Фёдора Игнатьева) расписали храм на библейские сюжеты.
В годы Советской власти доступ в Богоявленскую церковь был закрыт. В настоящее время литургии по будням начинаются в 08:00, по выходным — в 09:00, вечерние богослужения — в 17:00. В храме можно увидеть деревянный запрестольный алтарный крест XVII столетия и старинные иконы. Рядом расположены Спасо-Преображенский монастырь, где функционирует музей-заповедник, и памятник Ярославу Мудрому, изображённый на тысячерублёвой купюре.
