Авторами проекта Петрозаводского водного (Речного) вокзала стали архитекторы С.Б. Клейнман и Е.Д. Розенфельд. Двухэтажное здание было сооружено в 1975 году и заменило находившиеся здесь деревянные строения и дебаркадеры.
В настоящее время в здании Водного вокзала работают гостиница, полицейский пункт, ресторан и ночной клуб. Зал ожидания и кассы пассажирских водных сообщений находятся в павильоне на причале №4. Отсюда можно отправиться на «Кометах» и «Метеорах» в Великую Губу, Шалу, Сенную Губу и на Кижи.
