В 1913 году в Уфе была построена усадьба лесопромышленника Михаила Артемьевича Лаптева. Проект здания в стиле модерн создал архитектор из Самары Александр Щербачев. В усадебный комплекс входили также баня, бассейн и сад. В 1914-1917 годах здесь располагались воинские части.
В 1913 году уроженец Уфы художник Михаил Нестеров подарил родному городу 102 полотна русских живописцев. Музей открылся в бывшей усадьбе Лаптева 6 января 1920 года. В 2014 году особняк был дополнен новым зданием, где разместилась экспозиция классического искусства.
