В начале XIII века на площади Piazza Maggiore в Болонье построили резиденцию руководителя городского муниципалитета. В 1245 году к ней пристроили Палаццо Нуово, позднее переименованное в Палаццо рэ Энцо в честь находившегося здесь в заключении короля Сардинии Энцо. В 1259 году дворец увенчала кирпичная башня Аренго с колоколом, созданная архитектором Альберто ди Сан Пьетро.
Изначально Палаццо Подеста выглядело как готическое здание. Ренессансные черты дворец обрёл во время реставрации XV столетия. Проект работ архитектору Аристотелю Фиораванти заказал болонский правитель Джиованни II Бентивольо. В 1475 году зодчий отправился в Россию, где занимался восстановлением Успенского собора на территории московского Кремля.
В 1525 году в пассаже дворца появились статуи святых Петронио, Франциско, Прокулуса и Доминика — покровителей Болоньи. В 1604 году инженер-архитектор Пьетро Фиорини изменил балюстраду. В XIX веке фасад дворца отделали из кирпича и песчаника.
Купеческие лавки на первом этаже в наше время сменились туристическим центром, сувенирными и одёжными магазинами. Галерея первого этажа носит неофициальное название «галерея шёпота» из-за уникальной акустики. На втором этаже дворца находятся Зал нотариусов, зал для городских торжеств и Публичный архив. Туристов внутрь пускают только в рамках организованных экскурсий, во время городских праздников и выставок.
В тёплое время года на площади перед Палаццо Подеста проводятся показы старых фильмов под открытым небом. Добраться сюда можно на автобусах №А (остановка «Пьяцца Маджоре»), №29В (остановка «Пьяцца Гальвани»), №№14, 19, 27, 62 (остановка «Риццоли»). Напротив дворца расположена базилика Сан-Петронио.
