Строительство надвратной церкви Иоанна Богослова завершилось в 1683 году. Её обрамляют две башни, окна и фасады имеют резные украшения. Сразу по завершению строительства все стены церкви были расписаны фресками.
В XIX веке Синод предложил разобрать церковь Иоанна Богослова и Григорьевский храм на кирпичи для возведения тёплого храма при Успенском соборе. Его планам помешали горожане, которые подали прошение о возобновлении всех храмов бывшего Архиерейского дома.
