Этот храм был возведён на чистопольском кладбище в 1840-1847 годах, но изначально его освятили в честь Воскресения Христова. Проект здания по заказу местного купца Ивана Калинина выполнил казанский архитектор Иван Бессонов. Большевики закрыли эту церковь после революции 1917 года.
Во время Великой Отечественной войны здание использовалось в качестве тюрьмы для политических заключённых. После приход вновь открыли и освятили уже в честь Казанской иконы Божией Матери.
