В 1880 году в Шуе построили Ильинскую часовню, год спустя освящённую как церковь. Средства на её сооружение выделили наследники фабриканта Павла Кокушкина. В начале ХХ века её расширили за счёт западной пристройки с колокольней и сторожки.
После закрытия в 1924 году храм передали фабрике «Шуйский пролетарий», которая разместила в нём кинотеатр «Безбожник». В советское время убранство, росписи и предметы декора Ильинской церкви были уничтожены. В разные годы здесь находился бассейн и проводились молодёжные дискотеки.
В 2009 году храм Ильи Пророка вернули верующим, здесь проводятся богослужения. Шесть лет спустя была восстановлена колокольня, разрушенная в советское время.
