Каменная церковь финской общины была построена по проекту архитектора Готтлиба Xристиана Паульсена в 1803-1805 годах. Приход опекал дома сирот для мальчиков и девочек, школу, приют для бедных и кассу взаимопомощи.
В 1938 году лютеранскую кирху закрыли и передали Эрмитажу. Через два года здание перестроили, чтобы открыть в нём общежитие строительного управления. В 1970-1994 годах здесь работал «Дом природы». В 1999-2002 годах церковь отреставрировали почти за 20 миллионов финских марок, которые собрали лютеране Финляндии. Сейчас храм святой Марии является кафедральным собором Церкви Ингрии.
В 2010 году в храме установили необарочный духовой орган с 27 регистрами, педальной клавиатурой и двумя мануалами. Музыкальный инструмент освятили 5 декабря 2010 года.
