Двухъярусный храм во имя святителя Филиппа был построен в 1798-1799 годах. В 1859 году в восьмёрике церкви устроили придел, освящённый в честь иконы Божией Матери «Знамение». Одноимённая святыня летом 1854 года находилась над входом в Спасо-Преображенский собор и в неё попало ядро при обстреле обители английскими судами. После этого попадания обстрел монастыря был прекращён.
Церковь святителя Филиппа была расписана в 1829 году. Во время пожара 1932 года она пострадала в пожаре, тогда восьмёрик разобрали из-за серьёзных повреждений. Здание восстанавливали с середины 1990-х годов усилиями музея и монастыря.
Великое освящение церкви 22 августа 2001 года совершил патриарх Алексий II. В храме находятся мощи святителя Маркелла, архиепископа Вологодского и Белоезерского, мощи преподобных Зосимы, Савватия и Германа, частица мощей святителя Филиппа, митрополита Московского и глава священномученика Петра, архиепископа Воронежского.
