Церковь Спаса на Песках построили как соборный храм Спасо-Песоцкого Княгинина монастыря в Ростове. Она была возведена в 1603 году и перестроена в XVII веке. В результате секуляризации Княгинин монастырь упразднили в 1764 году, его церкви перешли Спасо-Яковлевской обители.
В 1879 году в нижней части церкви освятили «тёплый» придел Сергия Радонежского. Средства на его обустройство выделил крестьянин Рулев. Здесь был похоронен преподобный Амфилохий — настоятель Яковлевского Димитриева монастыря.
