В 1896-1898 годах в Саратове построили церковь-школу для детей железнодорожных служащих станции Саратов-II. Её возведение было приурочено к памяти бракосочетания Николая II и Александры Фёдоровны. Средства на строительство пожертвовала администрация и сотрудники Рязано-Уральской железной дороги.
Проект здания разработал архитектор Пётр Зыбин, создатель храма Утоли моя печали, собственного особняка, дома Шишкиной, Городского общественного банка и многих других саратовских построек. Церковь-школу РУЖД торжественное освятили 25 июля 1898 года.
3 августа 1923 года храм закрыли, со здания сняли кресты и маковку купола. Сам купол был сделан железобетонным монолитом, и его взрыв повлёк бы уничтожение всего здания, что в планы большевиков не входило. В разные годы в здании находились фабрично-заводское и ремесленное училища, ПТУ-33, СПТУ-4 и общежитие.
5 августа 1993 года православным формально вернули храмовую часть бывшей школы РУЖД, где к тому моменту располагался спортивный зал Саратовского совета физкультурно-спортивного общества «Юность России». 14 марта 1994 года приходской совет принял Никольский храм, а его освящение состоялось 24 апреля того же года.
В 2000 году бывшее здание церкви-школы РУЖД получило статус памятника архитектуры и градостроительства местного значения. После завершения капитальной реставрации Свято-Никольского монастыря его храм был освящён 14 ноября 2012 года митрополитом Саратовским и Вольским Лонгином.
