Церковь Прокопия была построена в Новгороде в 1529 году. Заказчиком её сооружения стал московский купец Дмитрий Сырков. В XVI веке храм расписали, на юго-западном столбе сохранились участки живописи.
В 1542 и 1709 годах здание получило повреждения во время пожаров. В XIX столетии к нему пристроили притвор и западную паперть, перестроили восточные столбы. Во время Великой Отечественной войны храм Прокопия пострадал от возгорания. В настоящее время туристам вход в церковь закрыт.