Первая церковь Покрова Богородицы от Нового Торга была выстроена во Пскове в XVI столетии и сгорела в 1590 году. Точное время сооружения нынешнего каменного храма неизвестно, по архитектурным деталям его определяют как XVII век. Колокольня, по предположениям, была сооружена в конце XVII-начале XVIII веков.
В мае 1936 года храм закрыли и передали под склад «Псковторга», три года спустя в нём устроили контору линейно-технического узла и клуб. Из-за расширения улицы Карла Маркса в 1957 году был разобран южный придел. В 1990-х годах храм передали Псковской епархии, теперь он приписан к Духовному училищу. Церковь охраняется в качестве памятника республиканского значения.
