В 1584 году в Переславле-Залесском на месте деревянного храма построили каменную церковь Петра Митрополита. В своё время на нижнем (зимнем) ярусе располагалась денежная казна Переславской провинциальной канцелярии. В конце XVIII века в подклете сделали тёплую церковь.
В XIX веке старая звонница была заменена колокольней. В 1880-х годах в церкви проводились реставрационные работы. В советское время её закрыли и переоборудовали под склад.
В 1950-1960-х годах древняя форма кровли и первоначальные формы оконных проёмов были восстановлены Ярославской научно-реставрационной мастерской. В 1991 году храм вернули Русской православной церкви. Поблизости расположены Владимирский и Спасо-Преображенский соборы.
