Ярославская церковь Николы Надеина считается древнейшим каменным храмом города. Его возвели на месте деревянной церкви Николая Чудотворца в 1620-1621 годах. Заказчиком строительства (впервые в Ярославле) стал купец Епифаний Святешников, прозванный Надеей.
К концу XVII столетия над колокольней надстроили ярус, арки галерей были заложены, проёмы окон расширены. С южной стороны к храму Николы Надеина был пристроен придел Александра Свирского. В 1836 году церковь из четырёхглавой стала одноглавой, а на её колокольне появились часы немецкого производства. За царскими вратами сохранилась красивая деревянная сень.
На южной стене Никольского храма указаны имена 20 мастеров из артели Любима Агеева, расписавших весь храм за три месяца. Они создали фрески с изображением жизни Иисуса Христа, земных дел Николая Чудотворца и библейских сюжетов. По одной из версий, в создании золочёного иконостаса в 1751 году участвовал основатель первого в стране драматического театра Фёдор Волков. В XIX столетии живописцы из Палеха подновили первоначальную роспись. Потом исходные сюжеты были покрыты новой живописью, которая, как считают искусствоведы, идентична работам артели Агеева.
В годы Советской власти церковь со всех сторон оказалась окружена жилой застройкой, что изменило вид на неё. В разные годы здесь работали музей Фёдора Волкова, фондовые музейные хранилища, овощехранилище, были обустроены квартиры. В 1970-х годах храм Николы Надеина приобрёл музейный статус, ныне он входит в состав Ярославского музея-заповедника. Теперь церковь доступна для осмотра во все дни, кроме среды и четверга, с 10:00 до 17:00. Неподалёку расположены несколько музеев и знаменитый храм Ильи Пророка.
