В 1695 году в Ярославле построили храм Николая Чудотворца в Рубленом городе. Средства выделили посадские люди, которые владели судоверфями и посвятили церковь Николаю, как покровителю моряков. В храмовой трапезной располагался придел Александра Свирского, позднее превращённый в тёплую церковь.
Во время восстания 1918 года Никольский храм получил повреждения от артиллерийских снарядов. Несколько позже церковь восстановили и закрыли для прихожан. В 1980-е годы здесь начали свою работу реставрационные мастерские Ярославского художественного музея.
