Впервые Климентовский монастырь упомянут в летописи в 1354 году. Известно, что храм при нём был построен в XV столетии. В 1615 году обитель разорили шведы, и её было решено упразднить.
В 1786 году к церкви святого Климента приписали храм Святителя и Чудотворца Николая бывшего Кожина монастыря, который не сохранился. В 1883 году храм перешёл в ведение Псковского духовного училища, через десять лет — Омского полка.
В начале ХХ столетия храм поддерживался за счёт церкви святителя Николая Кожина монастыря, оттуда на богослужения приносили утварь. 2 апреля 1924 года Климентовский храм закрыли, а во время Великой Отечественной войны он был частично повреждён.
В 1995 году церковь святых священномучеников Климента Папы Римского и патриарха Петра I Александрийского передали православным верующим. Первый крестный ход сюда от Александро-Невского храма состоялся 9 августа 2003 года.
