Строительство каменной церкви Климента в Новгороде упоминается в летописи под 1153 годом. Она получила повреждения в нескольких пожарах, последний из которых, в 1517 году, оказался роковым. Нынешний храм построен в 1519 году из кирпича по заказу московского купца Василия Тараканова.
В 1937 году умер 80-летний настоятель храма, и приход был закрыт. В годы Великой Отечественной войны были утрачены подкупольный свод и купол церкви Климента. В 1950-е годы колокольню разрушили на кирпич. Сейчас храм — это памятник архитектуры федерального значения, включённый в список Всемирного наследия ЮНЕСКО.
