В 1566 году в Ростове была построена Вознесенская церковь (храм Исидора Блаженного на валах). Она возведена над местом погребения блаженного Исидора, умершего в 1474 или 1484 году. Позднее в храме похоронили ростовских блаженных Афанасия и Стефана.
Фрески появились в храме Исидора Блаженного в 1720 году, когда был заменён и древний иконостас. В XVII столетии к церкви были пристроены колокольня и трапезная. В XVIII веке шлемовидная главка была заменена луковичной.
Службы прекратились в 1930 году, когда храм передали Ростовскому музею. В 2002 году богослужения возобновились.
