Историки пока не могут прийти к единому выводу о времени строительства этой церкви. В официальной охранной документации здание датировано 1664 годом. Пока исследователи осторожно относят постройку к третьей четверти XVII столетия.
На первом этаже были устроены престолы, освящённые в честь великомученицы Варвары, Иоанна Златоуста и Василия Исповедника. На втором этаже, в холодном храме, были престолы Всех Вологодских чудотворцев и Жён-мироносиц. Придел Александра Свирского размещался на втором этаже колокольни.
Во второй половине XVIII столетия на сводах и стенах холодного храма появились лепные картуши с живописными композициями, часть из них уцелела до наших дней. В 1898 году по проекту местного инженера В.А. Альберти увеличили толщину стен колокольни, поскольку в них появились трещины.
В 1930 году храм Иоанна Златоуста закрыли по решению президиума окружного исполкома. Здание передали военному ведомству, устроившему здесь склад. В 2003 году церковь вернули верующим, с 2008 года её реставрируют. Храм включён в число объектов культурного наследия федерального значения.
