На этом месте деревянная церковь («церковь у скудельни» или в «пропастех») существовала уже в 1230 году. В то время в Новгороде разразился масштабный голод, во время которого некому было заниматься погребением семей. Рядом с этим храмом архиепископ Спиридон распорядился устроить скудельницу, при которой перевозкой трупов занимался специальный человек.
Каменный храм двенадцати апостолов на Пропастех был построен в 1454-1455 годах. В XVI веке его разделили на два этажа, устроив подцерковье в нижней части. В тот же период кровлю перестроили в четырёхскатную, разобрали западный притвор и колокольню.
Реставрационные работы в храме проводились в 1949 и 1957-1958 годах. Сейчас внутрь туристам попасть нельзя, хотя церковь считается музейным объектом. В 1992 году храм включили в список Всемирного наследия ЮНЕСКО, он является памятником архитектуры федерального значения.
