Деревянную Богоявленскую церковь построили около 1580 года как тёплый храм монастыря. В 1650 году она полностью сгорела, но была восстановлена старицей Пелагеей. В 1770-1777 годах был построен четвёртый по счёту храм на этом месте.
В 1811 году здесь возвели новую Богоявленскую церковь с двумя приделами и больничным храмом в нижнем этаже. В 1927 году обитель закрыли, в церкви разместили общежитие. Для его устройства были разобраны южный портик и ротонда, установлены дополнительные лестницы и перегородки.
В советское время в храме находились Сберкасса и хозяйственный магазин. В 1990-х годах здание Богоявленской церкви подверглось реставрации. Теперь здесь хранятся иконы святой мученицы Татианы и блаженной Матроны Московской с частицами мощей.
