Богоявленскую башню заложили в Спасо-Преображенском монастыре в 1622 году. Спустя год она была достроена. В 1778-1780 году башню разобрали, а к маю 1781 года возобновили в кирпиче.
Очередная перестройка ожидала здание в 1803-1804 годах: тогда были переделаны пристройки. Кстати, башня получила название в честь расположенного неподалёку Богоявленского храма. Сейчас внутри открыты реставрационные мастерские.