Обычно вологодскую церковь Николая Чудотворца «Золотые Кресты» датируют концом XVII - началом XVIII столетий. Время постройки трудно определить, поскольку в городе было несколько посвящённых этому святому церквей, расположенных неподалёку друг от друга.
По предположениям, в XVIII веке к храму перешёл топоним «Золотые Кресты». Раньше он принадлежал Успенскому собору Горнего монастыря, но его главы и своды после пожара 1761 года утратили свою позолоту.
В 1930 году церковь «Золотые Кресты» была закрыта, здесь устроили общежитие, а после — гаражи ДОСААФ и автомастерскую. На данный момент памятник архитектуры находится в руинированном состоянии. Неизвестно, когда храм будет отреставрирован.
