Впервые псковская церковь Богоявления упомянута в летописи в 1397 году. Нынешний храм был построен на месте старого в 1495-1496 годах. Приделы церкви освящены во имя Усекновения главы Иоанна Крестителя и во имя Трёх Святителей.
В XVI веке возле церкви соорудили четырёхпролётную колокольню. В августе 1960 года храм взяли под государственную охрану. Сейчас Богоявленская церковь в Запсковья включена в список памятников истории и культуры федерального значения, здесь регулярно проводятся богослужения.
