Никольский морской собор был построен в Санкт-Петербурге в 1753-1762 годах по проекту архитектора Саввы Чевакинского. Зодчий задумал поднять церковь во избежание её затопления при наводнениях. Иконы написали тогдашние лучшие столичные живописцы Иван, Мина и Федот Колокольниковы. Медное паникадило привезли из Нюрнберга и озолотили в Санкт-Петербурге.
Колокольня Никольского собора была сооружена в 1756-1758 годах. Называть собор «Морским» устно велела императрица Екатерина II на церемонии освящения. При ней здесь стали праздновать победы русского флота. В 1862 году деревянные лестницы в верхний храм заменили на каменные. В 1901 году верхний храм стал тёплым, поскольку силами Морского ведомства здесь были устроены печи. Памятник в честь погибших на Русско-японской войне был открыт в сквере собора 14 мая 1908 года.
В 1919 году капиталы Никольского морского собора были переданы казне. Весной 1922 года из церкви изъяли 328 килограммов утвари, некоторые предметы удалось выкупить прихожанам. В 1934 году со звонницы сняли 13 колоколов, которые были отправлены на переплавку. В июне 1941 года Никольский морской собор стал кафедральным, митрополит Ленинградский Алексий (Симанский) выбрал его в качестве своей резиденции. Во время блокады несколько прихожан стали ответственными дежурными противовоздушной обороны и охраняли церковь. Маскировка куполов заняла больше года: она проводилась с августа 1941 года до сентября 1942 года. За годы Великой Отечественной войны прихожане собрали в помощь фронту 4,7 миллиона рублей.
К 1953 году Никольский морской собор восстановили, поскольку он получил повреждения во время бомбардировок. В нижней церкви 10 марта 1966 года прошло отпевание поэтессы Анны Ахматовой. В наши дни храм открыт каждый день с 06:30 до 21:00. При нём работают библиотека духовной литературы, Свято-Никольский молодёжный союз и воскресная школа для детей и взрослых.
