Каменная Спасская церковь была построена в Балахне в 1668 году. Изначально в Кузнечной слободе имелись две деревянные церкви, которые казаки сожгли в 1610 году. Никитскую церковь тогда восстанавливать не стали, её придел был перенесён в Спасскую.
В 1690 году в церкви произошёл пожар, в 1702-1704 годах она была перестроена, тогда же появилась шатровая колокольня. Её, наряду с главами, украсили изразцами, которые считаются вершиной гончарного искусства балахнинских мастеров. В ходе реставрации 1960-х годов были исправлены переделки XIX столетия.
